按照傳統的科研管理模式，項目申報成功后基本由科研課題組獨立負責科研項目的研究和執行，除規定的中期和節點工作報告外，基本都在項目結束時期向項目下達部門提出結題和驗收申請，期間基本無必須的質量管理要求；項目完成質量也只有在項目完成后相關科研管理人員和專家組成驗收小組對科研項目完成情況及質量進行驗收評價，一旦出現問題，已無時間改進，往往影響整個科研項目的完成。

基于ISO9000的水產科研管理體系控制方法，是對科研項目過程中任務分解與執行進度由原甘特圖表分解細化到對科研項目分段樹立里程碑，對執行中關鍵點的一組輸入和輸出進行分解，使科研人員始終能清楚地看到目標，容易產生緊迫感，通過努力到達每一個里程碑點，最終順利實現整體目標；管理人員也可根據分解后的里程碑點對一些階段結果進行監督評審。另外在整個科研過程中，由相關科研管理人員和專家組成評審小組，對科研項目在實施過程中的關鍵節點，按照管理文件要求，對輸入和輸出各種要素和結果進行評審，評審內容包括：科研進度、研究結果、經費、科研資料與記錄、儀器設備等，并得出評審意見反饋給科研課題組，確保每個階段和過程的研究結果符合要求，力求盡早發現問題、及時糾正，進而提高整個科研項目的成功率。