科研管理體系的嚴謹、嚴格會對水產科研工作的自由、靈活性帶來限制，科研管理體系文件建立、過程控制和對科研活動的記錄、表式要求不僅增加了水產科研工作的工作量 ，也對科研人員研究工作的自由發揮造成了限制，如果生搬硬套ISO9000質量管理標準，容易造成水產科研人員的反感，導致科研管理工作無法推進，也會使科研管理工作流于形式，起不到真正的管理作用。因此，如何在ISO9000的基礎上根據水產科研工作的特點，合理選擇各要素和管理程序，確保建立的科研管理體系的適用性，既適應水產科研工作的靈活性，又保證了整個科研工作有序開展，在水產科研單位建立起一套能有效控制科研工作過程質量，減少失誤、發現潛在質量問題、提出相應的預防與處理措施，是保質保量完成各類水產科研項目的重要保障。