a.兩者的階段性目標有所不同。

ERP是一種計算機管理信息系統，既體現管理思想，又離不開計算機的應用；ISO9000更多的是一種管理規范，很大程度上是為了規范人的隨意性，使產品質量得以有效控制。ERP是為了提高管理效益和資源優化；ISO9000是為了穩定的質量全過程控制與持續不斷的改進，提升產品的質量。

b.兩者管理思想與理念有所不同。

ERP綜合利用企業所有的資源，包括企業內部與外部資源，為企業謀求效益的最大化；ISO9000則是建立規范運作的質量管理體系，力求消滅各種可能造成產品質量不穩定的不利因素，從而使產品質量全過程處于受控狀態。

c.兩者的管理范圍有所不同。

ERP覆蓋了整個企業的，甚至整個供應鏈的所有業務；而ISO9000主要涉及與質量相關的過程和業務。

d.兩者的實施方法與過程有所不同。

ERP雖然有項目實施的通用過程，主要通過應用程序對物流、價值流及工作流等過程進行管理控制，但卻也存在非常靈活的實施個性，因企業類型、生產類型、資源配置、管理基礎、業務流程、ERP軟件等不同而有較大差別；ISO9000則通過大量的程序文件和定期的內審、認證、復審等幾乎標準化的實施方法對過程進行管理控制并保證體系有效運行，個性相對較小。

e.控制過程的評價標準有所不同。

ERP評價過程是否有效注重的是實現企業用戶需求及資源的合理利用，即企業成本是否最低；ISO9000評價過程的有效性主要看是否滿足企業用戶需求的產品的質量、交付和服務。