目前我國通過ISO9001認證的企業遠遠多于已實施ERP的企業。因此，在ISO9001基礎上實施ERP項目的情況居多。在這種方式下，企業對八項質量管理原則、過程方法、PDCA循環等管理理念有了深入的認識和體會，也形成了對各項業務流程的有效控制機制，這正為實施ERP提供了思想意識基礎和約束控制手段。因此，應該在實施ERP的前期借助ISO9001質量管理體系認證已有的培訓和實踐，使ERP的各個工作流程和數據形成ISO9001的程序文件、作業指導書或記錄的一部分。隨著業務流程重組的展開和軟件的二次開發，再將企業ISO9001質量管理體系中可以由計算機完成的過程和活動嫁接到ERP系統中，并將ERP各個模塊的報表輸出格式統一為ISO9001要求的質量記錄。

對于同時實施兩個系統并希望通過ISO9001質量管理體系認證的企業來說，可以在培訓階段將ISO9001知識和ERP基本原理培訓相結合，重點導入八項質量管理原則的理念，以ISO9001標準的要求為主線，闡明質量管理體系的過程和記錄在ERP中實現和形成的原理。在業務流程重組階段，結合ISO9001的過程方法，從考慮過程增值的角度，確定各個過程的輸入、輸出、控制準則和所需資源、文件、記錄，然后分別規劃人和計算機要完成的活動。對于可由計算機完成的活動，可以將ERP功能模塊逐個“ISO化”，通過二次開發對ERP中的標準化工作流程進行完善和深化；對于由人來完成的活動，可按質量管理體系的建立方法和步驟來執行。

在考慮ISO9001與ERP的結合時，對于ERP中產生靜態數據(基礎數據)的過程(或流程)，如生產計劃和控制過程，應該采用業務流程重組的方法以確保數據的準確性和可靠性。對于受人為因素影響較少、程序化程度高、主要由計算機來完成的活動，如文件管理，也可以采用這種方法。但對于一些難以程序化、主要由人來完成的活動，如內部審核，應采用過程方法來控制。對于部分由計算機執行、部分由人來完成且呈規律性變化的流程，在經過業務流程重組區分由人和計算機執行的任務后，應通過在ERP系統中建立可用戶化的動態模型來解決。

由于企業考慮ISO9001與ERP結合時以ISO9001為主線，對ERP模塊進行“ISO化”，因此，如果企業對ISO9001的某些要求進行了合理刪減，比如，對設計和開發（7.3）進行了刪減，那么，策劃ERP系統時也不需要考慮這類功能模塊。