ISO14000標準與ISO9000標準的不同主要體現在以下方面：

針對對象和目的：ISO9000主要針對顧客需要，目的是滿足和超越顧客的要求；而ISO14000針對的是眾多相關方和社會對環境保護的不斷發展需要，目的是規范組織的環境行為，達到改善環境的目的。

審核重點：ISO9000的審核重點是質量保證與控制，依據是選定標準；而ISO14000的審核重點是符合法律，持續改進。

結構與要素：ISO9000的結構和要素與ISO14000不一一對應，特別是要素內容差別較大。ISO9000注重范圍為產品涉及的區域和活動，而ISO14000注重范圍為組織可控或可對環境因素影響的范圍。

體系管理：ISO9000在企業里一般隸屬于質量部門管理，ISO14000則在企業里一般隸屬于環境部門管理。這在一定程度上增大了兩個體系溝通的障礙和擴大兩個體系之間差導的可能性。