一般情況下，企業不通過ISO 14001環境管理體系認證，相關機構不會退費。因為認證機構會根據所提供的服務和審核時間收取一定的費用。

如果企業沒有通過ISO 14001環境管理體系認證，但是已經進行了審核并支付了相關費用，可以與認證機構聯系，了解退款政策或進行協商。

另外，如果在審核過程中，企業因自身原因無法通過認證，認證機構可能會在一定時間內保留退款權利，具體視認證機構的規定而定。

總之，如果企業不通過ISO 14001環境管理體系認證，相關機構是否退費需要與認證機構進行溝通和確認。